在教育独立、🙝学术自由的空间⚏日益被压缩的政治氛围中，蔡元培依然尽最大的可能实现自己的教育理念。
蔡元培奉🞼🙝行的教育方针是科学化、劳动化、艺术化。
他常说“脑力与劳动同时并进之好处，非独养成身体发达之平均，而最大🏇🗻♏关键，乃在打破劳动🜰阶级与知识阶级之界限。”又说“人生由小而长，而老，而死，苟无艺🞲😄⚞术之调和，则一世生活，真无兴趣之可言。……故艺术兴味，确为教育上第一要义。”
推行美育，可以说是蔡元培一生的追求。
蔡元培历来认为，美是有力量的，没有美育的教育也是不完整的教育。他曾大声疾呼“美育是最重🛁🙗要、最基础的人生观教育。”
他说“⛕当每一个公民都拥有发掘美好的眼睛与心灵，拥有完善🁅🃗🗿的性格、更富情趣的人生和更高的精神境界，不仅是个人之🜧福，也是国家之幸。”
在蔡元培看来，一个完😅⚨📺整强健人格的养成，并不仅仅源于知识的灌输，也在于感情的陶养。这种陶养就是美育。塑造全面完整的人，是美育的宗旨♘🈫🁕。
在北大校长任上，他曾不遗余力的把推行美育，做为北大教改的重要方面。🐒⚻担任大学院长，无🜰疑为他推行美的🁘理念提供了更大的空间。
年蔡元培组织大学院时，即特设🔄♱🌊立“全国艺术教育委员会”。这年月，上海成立了音乐院，蔡元培亲自兼任院长，中国现代音乐史的🗬一代宗师、现代专业音乐教育的开拓者与奠基者萧友梅担任教务主任。
这便是中国历史最悠久的高等音乐学府——著名的上海音乐学院🃵的前身。
年月，音乐院改名为音😅⚨📺乐专科学校，校中设立预科、本科，并附设师范科。萧友梅担任校长，但蔡元培一如既往的关心音乐学校的建设。
廖辅元回忆“萧先生每逢‘音专’有什么重大措施，都先向蔡先生汇报。蔡先生对萧先生的汇报总是耐心倾听，同意的频频点🍕头，不明白的就及时发问，听懂了就相视而笑，表示赞赏。”他又说“他蔡元培的态度是那么平易近人，虚怀若谷，从来没有看见他有一点架子。”
蔡元培还亲自在校园种了一棵⚏大松树，并在树前摄影留念。后来“音专”人一直奉蔡元培为学校的创办人。
另一所蔡元培一手推动创办的重要艺术院校是“国立杭州艺术专科学校”，这便是今天著名🕠的中国美术学院的前身。
年月日在国民政府大学院艺术委员会的第一次会议上，蔡元培提出🎈🏇了创办艺术大学的提案。
他说“我国民政🌟⛿府为🁨🈐厉行教育放烟花，尤不可不注意富有革命性之艺术教育，急谋所以振兴之……此本会向中华民国大学院建议😎⛸创办国立艺术大学之最大理由也。”
蔡元培积极推动学校中的体育运动，推动国民体质的🜸增强。年月，大学院的大学委员会制定《各国立🅬大学军事训练条例》，提请国民政府在各国立大学实行军训制度，并拨给相关经费。
条例言道“欧战以来🁨🈐，欧美日本各国大学一致厉行军事训练，不遗余力……我国素以和平为世界倡，国民积久相沿，以至萎靖巽懦，自卫能力薄弱。对外则招辱取侮，领土丧失，受不平等条约束缚；对内则不能抵抗非法，一任军阀与🏳🞈官僚土豪之鱼肉或恶化分子劫持。以此国民，而与世界列强互竞，国既不国，种亦云亡。本大学有鉴于此，为求民族精神之发扬与国民革命之未完成，已经拟定军事计划，聘请军事专家，于正课之余，实施训练。”
年月日，蔡元培又召集全国各地体育界代表，在南京组织全国体育指导委员会，商讨办法，促进公共体育。月，更明确将开展军事教育和体育写入《全国教育🝏会议宣言》中，提出凡中学以上应以军事教育为必修课，每年各校学生应进行三星期连续的严格军事训练。
大学院制改革失败后，蔡元培虽不🍱再在国民政府的教育机构中担任行政职务，但他继续致力于教育，努力倡行义务教育和职业教育。