嘉佑三年（1058年）六月，升为右谏议大夫、权任御史中丞。
嘉佑四年（1059年），时任三司使的张方平由于买土豪的财产，被包拯上章弹劾，最后被免官；由宋祁接任，包拯又继续弹劾；宋祁被免后，就由包拯以枢密直学士之职暂任三司使。
嘉佑六年（公元1061年）三月份，包拯又进一步升迁至给事中的职位，正式担任三司使这一要职。然而短短数日之后，他便被调往礼部担任侍郎，但包拯毅然决然地推辞了这个任命。
嘉佑七年（公元1062年）五月份，正当包拯在枢密院处理事务之时，突如其来的疾病让他卧床不起。同月二十四日，这位备受尊敬的官员不幸离世，享年六十四岁。宋仁宗亲自前来吊唁，为了表达对包拯的哀思，皇帝还特地宣布停止上朝一天。朝廷追赠包拯为礼部尚书，赐予他谥号“孝肃”，以彰显他一生的功绩和品德。