确定将锦衣卫的职能转向情报，朱由检道：
“以后北司房负责情报搜集，南司房负责内部管理，东司房负责缉拿不法官员，西司房负责抓捕盗贼。”
“侍卫司警卫司负责护卫，监察司负责刑名，刑狱司负责诏狱。”
“都明白了没有？”
在场锦衣卫高层齐声回应明白，知道皇帝虽然弱化了锦衣卫诏狱职能，却没有弃用锦衣卫的意思。反而要对锦衣卫大用，所以完全重建。
重建完成之后，为了给外廷一个交待，朱由检又下令道：
“以后锦衣卫的全称是锦衣卫监，属于内廷衙门。”
“锦衣卫指挥使是锦衣卫监掌印，指挥同知、指挥佥事是锦衣卫监提督、协理、佥书。”
“都听明白了吗？”
这样做的用意，就是把锦衣卫的掌控权完全从外廷剥夺回来，众人当然明白。
如果是之前，他们对于自己变成内廷十二监、上林苑监那样的衙门还会产生抵触，现在就完全不一样了。
皇帝确定要大用锦衣卫，锦衣卫设置的那么多机构也能独立运行，何必再看外廷脸色。
众人齐声应诺，郑士毅提出一个问题，询问皇帝道：
“陛下，锦衣卫的钱粮需要朝廷拨付。”
“锦衣卫监该如何解决？”
朱由检早就想过这一点，说道：
“锦衣卫所有世官都转为金吾卫寄禄，有金吾卫世职和加衔的，让外廷发放俸禄。”
“金吾卫消耗的钱粮数量，南司房做好总结。”
这下众人更佩服了，以为皇帝虚置金吾卫的用意。就是用外廷的钱粮，为内廷养着锦衣卫。
不过他们的想法却不准确，朱由检接下来又规定了各级锦衣卫官员的俸禄，规定所有在锦衣卫任职的人员，都按品级发俸。有世职或加衔的锦衣卫官员，可以说领双俸。