因而他没有马上下令退兵，而是让诸将暂时先回各营，谨守营寨，等候命令。
诸将辞出后，朱大典立即派人飞骑去莱州，要求孙元化派出人马先在莱州城内筹措一批粮食运送来大营以稳定军心。他又同几个重要幕僚继续商议，估计可能遇到的各种困难情况，想一些应付办法。正在商议之间，忽听登州城内号炮齐鸣，欢呼声一阵阵的传来。
朱大典皱眉问道问道：
“为何如此喧哗？！”
片刻之间，城内的嘈杂似乎蔓延到了营寨内，人喊马嘶，一片混乱。援剿登州统领辽兵总兵官，都督同知金国奇突然进帐来急急地说：
“请诸位大人赶快上马，情势不好！”
“何事如此惊慌？快说！”
“不知为何，诸营得知粮道被断，士兵们都鼓噪起来要走。将军们弹压不住，正被乱兵裹挟着逃跑。现在各营惊骇，势同瓦解。情势万分危急，请大人赶快上马，以备万一。”
朱大典强作镇定：“你速去传下严令，各营人马不许惊慌乱动，务要力持镇静，各守营垒。有敢弃寨而逃者，立斩不赦！”
“是，遵令！”金国奇回身便走。
朱大典正在焦急间，祖大寿带着一群亲兵骑马奔来，来朱大典的帐前下马，匆匆拱手施礼，大声说：
“请大人立刻移营！逆贼已经从城中冲杀出来了，请大人速走！”
“逆贼已成釜底游鱼，不必担心。”他的话音未落，只听城内炮声隆隆――这些日子城内叛军很少开炮，此时却忽然一下密集开火起来，炮弹呼啸着飞向大营，愈发增加了营中的混乱。
朱大典正要说话，忽然从敌军营中响起来战鼓声，角声，海螺声。接着，有千军万马的奔腾声，喊杀声。大家都听出来：登州城内的叛军已经倾巢出动向营寨冲杀来。祖大寿催促道：“请大人火速移营，再做计较。”
孔有德偷袭得手的第二天，李九成就在城中得到了鹿庄主派来的密使送来的偷袭成功的口信。他原本将信将疑，一直没有举动。不过他吩咐手下的将领们秣兵厉马，随时准备出城厮杀。
这天忽然得报官兵营寨中人喊马嘶，乱糟糟的，知道发生大营内必然是有了变故――多半是粮道被断的消息已经传到营内。李九成自己是辽东旧将，对关宁的行事作风十分了解，知道这必然是关宁将领危急之中在跑路了。他狞笑一声：“真是天助我也！”当即命令全城击鼓鸣炮，又派许多亲兵满城呼喊：“官兵粮道已断！”
随后他全身披挂，亲自率领一部分精锐为前锋，率领三万步骑兵向大营进攻，希望趁着混乱时候一举将山东行营的主力击溃。
此时，行营中战力最强的关宁诸营已经开始奔逃，余下的四川、河北、山东各镇的人马也随之逃跑，一时间诸营大乱，争相奔逃，朱大典、谢三宾等人被人挟持着扶上马背，一起打马而逃。
时值雪后，天寒地冻，关宁诸军多为骑兵，先一步已经逃走，其他各镇多为步兵，徒步在积雪中几乎寸步难行，被叛军追及，顿时如鸟惊兽窜，毫无抵抗。溃逃和追杀一直持续入夜，官兵有很多人被杀、被俘，在混乱中溃散的更是不计其数。
朱大典等人在逃跑中几乎为叛军追及，几次都动了自杀的念头，最危急的一次，他身边的亲兵全被冲散，幸好这时候一支打着屺母岛旗号的骑兵突然出现，一排火枪打过去，将叛军杀退，将他们接应下来。